התהליך האבחנתי המוכר למרבית אנשי המקצוע הוא תהליך אבחוני המבוסס על אחד ממדריכי האבחון הפסיכיאטרים המוכרים בישראל, ה-DSM-5 (מדריך האבחון הפסיכיאטרי האמריקאי) או ה-ICD-10 (מדריך האבחון הפסיכיאטרי האירופאי). עם זאת, שיטת אבחון המוכרת לפחות קלינאים היא שיטת האבחון הפסיכודינמית שהציע הפסיכיאטר והפסיכואנליטיקאי אוטו קרנברג.
קרנברג הציע כי קיימים שלושה ארגוני אישיות מובחנים: ארגון אישיות נוירוטי, ארגון אישיות גבולי וארגון אישיות פסיכוטי, אשר נבדלים זה מזה בשלושה קריטריונים מרכזיים:
בוחן מציאות: המידה בה האדם מסוגל להבחין בין חוויות אובייקטיביות וסובייקטיביות, ובין אמתי ללא אמתי. דוגמה קיצונית לפגיעה בבוחן המציאות היא מצב של פסיכוזה, אך קרנברג התייחס גם לפגיעות מינוריות יותר בבוחן המציאות כתחושה חזקה ויציבה (אך שגויה) של תלמיד לפיה כל המורים מתנכלים לו על לא עוול בכפו.
איכות יחסי האובייקט: המידה בה האדם מסוגל לתפוס את עצמו ואת אחרים באופן אינטגרטיבי ולא מפוצל, המבוסס על תפיסה רב ממדית ולא חד ממדית של העצמי והאחר. דוגמה לתפיסה לא אינטגרטיבית תהיה מצב בו האחר נתפס באופן אידיאלי כחזק, חכם ומגונן בעוד שהעצמי יחווה כקטן, חלש וחסר אונים. תפיסה אינטגרטיבית, לעומת זאת, תהיה ראייה הן של העצמי והן של האחר כבעלי מגבלות ויכולות.
סוג ההגנות: קרנברג הבחין בין הגנות פרימיטיביות לבין הגנות בשלות יותר, כאשר האלמנט המרכזי המבחין בין שני סוגי ההגנות הוא המידה בה הן תורמות להסתגלותו ותפקודו של האדם. כך, למשל, הגנות פרימיטיביות ולא בשלות כפיצול, הכחשה, אידיאליזציה ודיסוציאציה יביאו לפגיעה באופן בו האדם תופס ומפרש את המציאות ואת הנעשה סביבו ולכן יגבילו את יכולתו להתמודד עם סיטואציות שונות. לעומת זאת, הגנות בשלות ומתוחכמות יותר כהדחקה, רציונליזציה, עידון ואינטלקטואליזציה אמנם יתפקדו כהגנות ולכן ירחיקו את האדם ממגע עם החוויה הרגשית המקורית, אך יעשו זאת באופן יעיל ומסתגל שיתרום לתפקודו.
קרנברג הציע כי אנשים בעלי ארגון אישיות נוירוטי הם בעלי בוחן מציאות תקין, תפיסה יציבה ואינטגרטיבית של העצמי והאחר ונטייה להשתמש במנגנוני הגנה בשלים. אנשים בעלי ארגון אישיות פסיכוטי, לעומת זאת, הם אנשים אשר בוחן המציאות שלהם פגוע באופן משמעותי, תפיסת העצמי והאחר שלהם היא שברירית ולקויה ומנגנוני ההגנה בהם הם עושים שימוש הם מנגנוני הגנה פרימיטיביים ובלתי מסתגלים.
במובן מסוים ארגון אישיות גבולי הוא ארגון האישיות המורכב מבין שלושת ארגוני האישיות מאחר והוא נמצא "על הגבול" בין ארגון האישיות הגבולי לבין ארגון האישיות הפסיכוטי.
אנשים בעלי ארגון אישיות גבולי מאופיינים בבוחן מציאות תקין בדרך כלל, אך בוחן המציאות שלה עשוי להיפגע בעתות לחץ. כך, למשל, אנשים עם ארגון אישיות גבולי עשויים לשמור על בוחן מציאות תקין מרבית הזמן אך לנוכח נזיפה של הבוס או מריבה סוערת עם בן/בת הזוג- לחוות הלוצינציות פסיכוטיות של ממש או לפרש באופן קיצוני וחריג את התנהגותם של אחרים ("כוחם מדברים עלי כל היום, הם בטח זוממים משהו").
כמו כן, ארגון אישיות גבולי מאופיין בתפיסה לא אינטגרטיבית של העצמי והאחר. אנשים בעלי ארגון אישיות גבולי נוטים לתפוס את עצמם ואחרים במונחים של טוב/רע, ולהתקשות לתפוס ולהתייחס באופן מורכב ורב ממדי לעצמם ולאחרים. כך, למשל, מטופלת עם ארגון אישיות גבולי אשר מתאכזבת מהמטפלת שלה עלולה לחוות את המטפלת כרעה, בוגדנית ושקרנית ("כל הזמן הזה היא רק העמידה פנים שאכפת לה"), ולא כאדם שלם אשר אכפת לו ממנה, אך עשוי לשגות.
מאפיין מרכזי נוסף של מבנה אישיות גבולי הוא הנטייה לשימוש בהגנות פרימיטיביות יחסית, אך לא פעם ניתן לראות כי מטופלים בעלי ארגון אישיות גבולי משתמשים בעירוב של הגנות פרימיטיביות לצד הגנות בשלות ומתוחכמות יותר.
על אף שמודל האבחון הדינמי של קרנברג אינו מתמקד במתן אבחנות פסיכיאטריות, קרנברג הציע כי קיים קשר בין אבחנות פסיכיאטריות מסוימות לבין ארגוני האישיות השונים. הוא הציע כי אנשים עם ארגון אישיות נוירוטי נוטים לסבול מהפרעות אובססיביות קומפולסיביות או דיכאון ואנשים עם ארגון אישיות פסיכוטי נוטים לסבול מהפרעות פסיכוטיות כסכיזופרניה. אנשים בעלי ארגון אישיות גבולי, לטענתו, מתמודדים עם הפרעות אישיות שונות (ובפרט הפרעת אישיות גבולית, נרקיסיסטית וסכיזואידית) ועשויים לפתח מגוון סימפטומים פסיכיאטרים שביניהם דיכאון, חרדה, התמכרויות והפרעות אכילה. עם זאת, כאמור, אנשים עם ארגון אישיות גבולי עשויים לפתח בתנאי מצוקה קיצוניים גם הפרעות פסיכוטיות זמניות.