מכון שיטות הוקם בשנת 2008 על ידי ד"ר נעמי אפל במטרה להגביר את נגישות המטפלים ההתנהגותיים קוגניטיביים בארץ. המכון כולל 40 מטפלים התנהגותיים קוגניטיביים מוסמכים בפריסה ארצית שהוכשרו אצל ד"ר אפל ומקבלים ממנה הדרכה שוטפת. המטפלים משתמשים במודלים, בשיטות ההתערבות ובכלים היצירתיים להגברת יעילות הטיפול ההתנהגותי קוגניטיבי שפותחו על ידי ד"ר נעמי אפל וראו אור במאמרים ובספרים שפרסמה.
במסגרת פנימית וסגורה של המכון מתקיימים באופן קבוע מספר ימי עיון וכנסים במהלך השנה. המכון גם מפעיל ימי עיון, השתלמויות, סדנאות והרצאות לאנשי מקצוע באוניברסיטאות, במרפאות לבריאות הנפש, בתחנות לטיפול משפחתי, בשירותים פסיכולוגים חינוכיים, במחלקות רווחה ומוסדות נוספים האמונים על טיפול ורווחה נפשית.
במסגרת המכון מטפלים בכל מגוון האוכלוסיות: ילדים, מתבגרים, מבוגרים וקשישים, גם באופן פרטני, גם בטיפול זוגי וגם בטיפול משפחתי.
במכון שיטת מטפלים ב: הפרעות חרדה, טראומה (כולל פגיעות מיניות), דיכאון, מצבי לחץ ומשבר, בעיות התנהגות בתוך המשפחה ומחוצה לה, הדרכה וטיפול הורי, מיומנויות חברתיות, מיומנויות שליטה עצמית, הגברת ערך עצמי ומסוגלות עצמית ועוד.
